News

ddSEQ Single-Cell 3′ RNA-Seq Kit dan Omnition Analysis Software adalah dua komponen utama dalam analisis transkriptom sel tunggal, yang dirancang untuk memberikan wawasan mendalam tentang ekspresi gen di tingkat sel individual.

ddSEQ Single-Cell 3′ RNA-Seq Kit

Kit ini merupakan sistem untuk melakukan analisis transkriptom menggunakan pendekatan RNA-Seq pada sel tunggal.

1. Fungsi Utama:
   Memungkinkan isolasi RNA dari ribuan sel tunggal secara bersamaan dan transkripsi menjadi cDNA untuk analisis lebih lanjut.
2. Teknologi Dasar:
   Menggunakan teknologi microfluidik berbasis droplet (tetesan mikro) untuk menangkap sel tunggal secara efisien dalam lingkungan yang terkontrol. Sel dipisahkan dalam droplet bersama dengan reagen yang mendukung isolasi dan pemrosesan RNA.
3. Fokus 3′ RNA-Seq:
   Menargetkan ujung 3′ dari RNA messenger (mRNA), yang sering mengandung poly-A tail, untuk efisiensi dan kemudahan penyesuaian analisis.
4. Protokol Workflow:
   1. Isolasi Sel Tunggal: Memisahkan setiap sel ke dalam droplet.
   2. Reverse Transcription (RT): Mengonversi RNA menjadi cDNA.
   3. Barcoding Molekuler: Menyematkan label unik pada cDNA dari setiap sel, memungkinkan pelacakan asal data dari sel tertentu.
   4. Amplifikasi dan Sequencing: Memperbanyak cDNA untuk diurutkan menggunakan platform sequencing seperti Illumina.
5. Keunggulan:
   1. Efisiensi tinggi dalam menangkap sel tunggal.
   2. Barcoding molekuler untuk menghindari duplikasi data.
   3. Proses otomatis yang mengurangi kesalahan manusia.

Baca juga : Teknologi Analisis miRNA: Revolusi dalam Penelitian Biologi Molekuler

Omnition Analysis Software

Perangkat lunak ini dirancang untuk analisis data hasil ddSEQ dan sistem lainnya yang menghasilkan data RNA-Seq berbasis sel tunggal. Fitur dan manfaat utamanya:

1. Analisis Data Tingkat Lanjut:
   1. Memproses data mentah dari platform RNA-Seq dan mengubahnya menjadi informasi biologis yang dapat digunakan.
   2. Mendukung dekonvolusi data berdasarkan barcoding molekuler untuk memisahkan data dari setiap sel.
2. Kemampuan Visualisasi:
   Menyediakan alat visualisasi yang kaya, seperti diagram PCA (Principal Component Analysis), t-SNE (t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding), dan grafik berbasis ekspresi gen.
3. Identifikasi Subpopulasi Sel:
   1. Mendeteksi subpopulasi sel berdasarkan pola ekspresi gen.
   2. Menggunakan algoritma clustering untuk mengelompokkan sel dengan karakteristik serupa.
4. Fokus pada Pengalaman Pengguna:
   1. Antarmuka yang intuitif dan ramah pengguna.
   2. Integrasi pipeline otomatis untuk mempermudah pengguna dari berbagai latar belakang.
5. Keunggulan Tambahan:
   1. Mendukung integrasi dengan dataset referensi untuk menganalisis perbandingan.
   2. Dilengkapi dengan modul untuk analisis pathway dan genetik.

Baca juga : Sophia Genetics untuk Onkologi: Meningkatkan Diagnosis dan Perawatan Kanker

Kombinasi ddSEQ dan Omnition Software

Dengan menggunakan ddSEQ untuk mendapatkan data transkriptom sel tunggal dan menganalisisnya menggunakan Omnition, para peneliti dapat:

• Memahami Keanekaragaman Seluler: Mengetahui bagaimana sel-sel dalam jaringan berbeda dalam pola ekspresi gen.
• Mengidentifikasi Sel-Sel Penting: Mengenali subpopulasi sel yang relevan, seperti sel induk, sel kanker, atau sel imun spesifik.
• Menganalisis Respon Genetik: Melihat bagaimana gen merespons perlakuan tertentu, seperti obat atau stres lingkungan.

Link produk : https://www.bio-rad.com/en-sg/product/ddseq-single-cell-3-rna-seq-kit- omnition-analysis-software?ID=b4738e36-858d-e6a0-61d9-8d96d3d521b8

Baca juga: Keunggulan BioRad NGC Kromatografi Sistem

Penulis: Sylvia Sance Marantina, M.Biomed

PT Sciencewerke
Making Science Work For You

Telp : 021 536 67591
Email : enquiry@sciencewerke.com
WhatsApp : 0858 8880 0005
Website : www.sciencewerke.com
Alamat : Jl. Palmerah Barat No. 25, Palmerah, Jakarta Barat 11480